Dalam perkembangannya, Kota Manado telah mengalami dua fase perkembangan Kota, yaitu fase sebelum perluasan memiliki luas wilayah 2.359 Ha yang terdiri dari 3 Kecamatan dengan 46 Kelurahan dan fase kedua setelah ada perluasan yang diatur dalam Peraturan Pemerintah Nomor 22 Tahun 1988 dimana luasnya menjadi 15.726 Ha yang terdiri dari 5 kecamatan dengan 46 kelurahan dan 22 desa.
Dalam rangka pelaksanaan otonomi daerah sekaligus peningkatkan pelayanan kepada masyarakat, Pemerintah Kota Manado melalui Peraturan Daerah Nomor 4 dan 5 Tahun 2000 telah melakukan perubahan status Desa menjadi Kelurahan sehingga jumlah kelurahan bertambah dari 68 menjadi 87 kelurahan, dan pemekaran wilayah kecamatan, dari 5 menjadi 9 kecamatan. Nama kecamatan dan jumlah kelurahan sebagai berikut:
1. Kecamatan Bunaken : 8 Kelurahan
2. Kecamatan Tuminting : 10 Kelurahan
3. Kecamatan Singkil : 9 Kelurahan
4. Kecamatan Tikala : 12 Kelurahan
5. Kecamatan Wenang : 12 Kelurahan
6. Kecamatan Wanea : 9 Kelurahan
7. Kecamatan Sario : 7 Kelurahan
8. Kecamatan Mapanget : 11 Kelurahan
9. Kecamatan Malalayang : 9 Kelurahan